![[Experimental]](figures/lifecycle-experimental.svg)
Creates and OCC column that increments in accordance to specified condition.
To be used in a dplyr::mutate() statement dplyr::group_by()'d by "ID".
make_OCC_every_dose(d, dose_trigger, new_OCC_trigger)Arguments
- d
A data.frame. NONMEM ready input dataset.
- dose_trigger
Logical expression for defining a dosing row.
- new_OCC_trigger
Logical expression for defining when OCC should increment.
Examples
# create example object m1 from package demo files
exdir <- system.file("extdata", "examples", "theopp", package = "NMproject")
m1 <- new_nm(run_id = "m1",
based_on = file.path(exdir, "Models", "ADVAN2.mod"),
data_path = file.path(exdir, "SourceData", "THEOPP.csv"))
d <- input_data(m1)
## OCC increments on every dosing interval with more than 4 samples
d %>% make_OCC_every_dose(!is.na(AMT), any(!is.na(DV)))
#> ID AMT TIME DV WT OCC
#> 1 1 4.02 0.00 NA 79.6 1
#> 2 1 NA 0.00 0.74 NA 1
#> 3 1 NA 0.25 2.84 NA 1
#> 4 1 NA 0.57 6.57 NA 1
#> 5 1 NA 1.12 10.50 NA 1
#> 6 1 NA 2.02 9.66 NA 1
#> 7 1 NA 3.82 8.58 NA 1
#> 8 1 NA 5.10 8.36 NA 1
#> 9 1 NA 7.03 7.47 NA 1
#> 10 1 NA 9.05 6.89 NA 1
#> 11 1 NA 12.12 5.94 NA 1
#> 12 1 NA 24.37 3.28 NA 1
#> 49 2 4.40 0.00 NA 72.4 1
#> 50 2 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 51 2 NA 0.27 1.72 NA 1
#> 52 2 NA 0.52 7.91 NA 1
#> 53 2 NA 1.00 8.31 NA 1
#> 54 2 NA 1.92 8.33 NA 1
#> 55 2 NA 3.50 6.85 NA 1
#> 56 2 NA 5.02 6.08 NA 1
#> 57 2 NA 7.03 5.40 NA 1
#> 58 2 NA 9.00 4.55 NA 1
#> 59 2 NA 12.00 3.01 NA 1
#> 60 2 NA 24.30 0.90 NA 1
#> 61 3 4.53 0.00 NA 70.5 1
#> 62 3 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 63 3 NA 0.27 4.40 NA 1
#> 64 3 NA 0.58 6.90 NA 1
#> 65 3 NA 1.02 8.20 NA 1
#> 66 3 NA 2.02 7.80 NA 1
#> 67 3 NA 3.62 7.50 NA 1
#> 68 3 NA 5.08 6.20 NA 1
#> 69 3 NA 7.07 5.30 NA 1
#> 70 3 NA 9.00 4.90 NA 1
#> 71 3 NA 12.15 3.70 NA 1
#> 72 3 NA 24.17 1.05 NA 1
#> 73 4 4.40 0.00 NA 72.7 1
#> 74 4 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 75 4 NA 0.35 1.89 NA 1
#> 76 4 NA 0.60 4.60 NA 1
#> 77 4 NA 1.07 8.60 NA 1
#> 78 4 NA 2.13 8.38 NA 1
#> 79 4 NA 3.50 7.54 NA 1
#> 80 4 NA 5.02 6.88 NA 1
#> 81 4 NA 7.02 5.78 NA 1
#> 82 4 NA 9.02 5.33 NA 1
#> 83 4 NA 11.98 4.19 NA 1
#> 84 4 NA 24.65 1.15 NA 1
#> 85 5 5.86 0.00 NA 54.6 1
#> 86 5 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 87 5 NA 0.30 2.02 NA 1
#> 88 5 NA 0.52 5.63 NA 1
#> 89 5 NA 1.00 11.40 NA 1
#> 90 5 NA 2.02 9.33 NA 1
#> 91 5 NA 3.50 8.74 NA 1
#> 92 5 NA 5.02 7.56 NA 1
#> 93 5 NA 7.02 7.09 NA 1
#> 94 5 NA 9.10 5.90 NA 1
#> 95 5 NA 12.00 4.37 NA 1
#> 96 5 NA 24.35 1.57 NA 1
#> 97 6 4.00 0.00 NA 80.0 1
#> 98 6 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 99 6 NA 0.27 1.29 NA 1
#> 100 6 NA 0.58 3.08 NA 1
#> 101 6 NA 1.15 6.44 NA 1
#> 102 6 NA 2.03 6.32 NA 1
#> 103 6 NA 3.57 5.53 NA 1
#> 104 6 NA 5.00 4.94 NA 1
#> 105 6 NA 7.00 4.02 NA 1
#> 106 6 NA 9.22 3.46 NA 1
#> 107 6 NA 12.10 2.78 NA 1
#> 108 6 NA 23.85 0.92 NA 1
#> 109 7 4.95 0.00 NA 64.6 1
#> 110 7 NA 0.00 0.15 NA 1
#> 111 7 NA 0.25 0.85 NA 1
#> 112 7 NA 0.50 2.35 NA 1
#> 113 7 NA 1.02 5.02 NA 1
#> 114 7 NA 2.02 6.58 NA 1
#> 115 7 NA 3.48 7.09 NA 1
#> 116 7 NA 5.00 6.66 NA 1
#> 117 7 NA 6.98 5.25 NA 1
#> 118 7 NA 9.00 4.39 NA 1
#> 119 7 NA 12.05 3.53 NA 1
#> 120 7 NA 24.22 1.15 NA 1
#> 121 8 4.53 0.00 NA 70.5 1
#> 122 8 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 123 8 NA 0.25 3.05 NA 1
#> 124 8 NA 0.52 3.05 NA 1
#> 125 8 NA 0.98 7.31 NA 1
#> 126 8 NA 2.02 7.56 NA 1
#> 127 8 NA 3.53 6.59 NA 1
#> 128 8 NA 5.05 5.88 NA 1
#> 129 8 NA 7.15 4.73 NA 1
#> 130 8 NA 9.07 4.57 NA 1
#> 131 8 NA 12.10 3.00 NA 1
#> 132 8 NA 24.12 1.25 NA 1
#> 133 9 3.10 0.00 NA 86.4 1
#> 134 9 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 135 9 NA 0.30 7.37 NA 1
#> 136 9 NA 0.63 9.03 NA 1
#> 137 9 NA 1.05 7.14 NA 1
#> 138 9 NA 2.02 6.33 NA 1
#> 139 9 NA 3.53 5.66 NA 1
#> 140 9 NA 5.02 5.67 NA 1
#> 141 9 NA 7.17 4.24 NA 1
#> 142 9 NA 8.80 4.11 NA 1
#> 143 9 NA 11.60 3.16 NA 1
#> 144 9 NA 24.43 1.12 NA 1
#> 13 10 5.50 0.00 NA 58.2 1
#> 14 10 NA 0.00 0.24 NA 1
#> 15 10 NA 0.37 2.89 NA 1
#> 16 10 NA 0.77 5.22 NA 1
#> 17 10 NA 1.02 6.41 NA 1
#> 18 10 NA 2.05 7.83 NA 1
#> 19 10 NA 3.55 10.21 NA 1
#> 20 10 NA 5.05 9.18 NA 1
#> 21 10 NA 7.08 8.02 NA 1
#> 22 10 NA 9.38 7.14 NA 1
#> 23 10 NA 12.10 5.68 NA 1
#> 24 10 NA 23.70 2.42 NA 1
#> 25 11 4.92 0.00 NA 65.0 1
#> 26 11 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 27 11 NA 0.25 4.86 NA 1
#> 28 11 NA 0.50 7.24 NA 1
#> 29 11 NA 0.98 8.00 NA 1
#> 30 11 NA 1.98 6.81 NA 1
#> 31 11 NA 3.60 5.87 NA 1
#> 32 11 NA 5.02 5.22 NA 1
#> 33 11 NA 7.03 4.45 NA 1
#> 34 11 NA 9.03 3.62 NA 1
#> 35 11 NA 12.12 2.69 NA 1
#> 36 11 NA 24.08 0.86 NA 1
#> 37 12 5.30 0.00 NA 60.5 1
#> 38 12 NA 0.00 0.00 NA 1
#> 39 12 NA 0.25 1.25 NA 1
#> 40 12 NA 0.50 3.96 NA 1
#> 41 12 NA 1.00 7.82 NA 1
#> 42 12 NA 2.00 9.72 NA 1
#> 43 12 NA 3.52 9.75 NA 1
#> 44 12 NA 5.07 8.57 NA 1
#> 45 12 NA 7.07 6.59 NA 1
#> 46 12 NA 9.03 6.11 NA 1
#> 47 12 NA 12.05 4.57 NA 1
#> 48 12 NA 24.15 1.17 NA 1